اکبر در سال 1340 در محله‌ای فقیر در شهر اصفهان پا به عرصه گیتی نهاد. دوران کودکی را تحت تعلیم خانواده مذهبی خود سپری کرد، همزمان با ورود به دبستان قرائت قرآن کریم را آموخت. و روح تشنه‌اش را با کلام وحی سیراب نمود. او اوقات فراغت را در کارخانه سنگبری گذراند، تا با به دست آوردن پول سهم کوچکی در تأمین معاش خانواده داشته باشد، با اوج‌گیری انقلاب اسلامی در صف سربازان روح‌الله (ره) قرار گرفت و پس از شکوفا شدن نهال انقلاب در 23 بهمن ماه سال 57 در کمیته دفاع شهری اصفهان فعالیت خود را آغاز نمود.وی چندی بعد پس از آموزش مربیگری به عنوان یکی از مربیان تاکتیک و سلاح در سپاه پاسداران اصفهان مشغول به کار شد. و با آغاز غائله کردستان مسئولیت عملیات سپاه سنندج را بر عهده گرفت. آقا بابایی در سال 1362 به سمت فرماندهی عملیات ناحیه شمال غرب و کردستان منصوب شد، و بعد از مدتی به علت توانائی و کاردانی‌اش فرماندهی تیپ18 الغدیر را پذیرفت او در طول سالهای دفاع مقدس در عملیات‌های بی‌شماری شرکت کرد. و چندین مرتبه مجروح شد.عملیات کربلای5 برگ زرینی از رشادتهای اکبر بود، بمباران مواد شیمیایی در این عملیات سردار وفادار اسلام را برای همیشه به بستر بیماری انداخت.سرانجام اکبر آقا بابایی پس از سالها صبوری در 5 شهریور سال 1375 برات عشق را از معشوق دریافت نمود. او در سن 35 سالگی در حالیکه زیارت عاشورا را با خود زمزمه می‌کرد، هنگام دمیدن سپیده سحر همراه قافله صبح به آسمان پر کشید.